随着中国的研发投入总量进入世界第一梯队，研发投入（资源）的配置状况成为决定研发产出效率的关键因素之一。本文基于一个包含研发资源价格扭曲的多部门竞争均衡模型，以2001—2016年各省份规模以上工业企业数据为样本，对中国地区间研发资源错配情况及其影响因素进行全面考察。研究发现：（1）各省份之间的研发劳动错配高于研发资本错配，多数省份倾向于过度配置研发资源，省份之间研发资源配置效率总体上呈逐步改善趋势，纠正错配可以使研发产出提升约16%；（2）东部各省份研发资源配置相对较为合理，但研发劳动配置略有不足，中部、西部和东北各省均存在不同程度的研发资源过度配置现象，东部和西部的研发资源配置效率一直在改善，东北和中部则没有表现出持续的改进态势；（3）市场发育程度、偏向性政策扶持、地区创新环境是研发资源错配的主要影响因素，在研发资源过度配置地区，这些因素的作用更为显著。本文的启示是，在当前全面实施创新驱动发展战略的大背景下，政府相关部门在积极引导全社会加大研发投入力度的同时，还应以市场为导向，进一步优化不同地区间的研发资源配置，实现研发效率的提升和经济的高质量发展。