全要素生产率是现代化经济体系的主要统计指标之一，但其存在诸多统计偏误问题有待克服。其中，由工业增加值代理产出项（相对总产值而言）而导致的估计问题尤为严重。为此，本文从数理模型上分析增加值偏差对于全要素生产率估计结果的影响；在实证检验上分别构建总产值与增加值生产函数、总产值与增加值成本函数，并使用半参数估计法进行估计。拟蒙特卡洛实验的结果表明，由于增加值偏差的存在，增加值生产函数测算得到的全要素生产率异质性要大于总产值生产函数，增加值成本函数测算得到的全要素生产率异质性要大于总产值成本函数，使用总产值作为产出代理变量得到的估计结果更为稳健。以1999—2013年中国工业企业数据为样本的检验结果表明，2011—2013年比2008年以前全要素生产率分布的所有制差异明显缩小；其动态分解结果表明，2011—2013年全要素生产率变动出现停滞甚至下滑的趋势，不同行业的全要素生产率变化表现出明显的差异。在后续研究中需要关注全要素生产率在分布上的新特征以及变动上的新趋势，以期得到更为贴近现实的结论。