绿色创新是推进生态文明建设与绿色发展的重要着力点。文章研究开发区设立对企业绿色创新的影响，并结合开发区政策的区域偏向特征，探讨开发区设立对东部地区与中西部地区企业绿色创新影响的差异及其逻辑机理。研究发现，开发区设立从整体上促进了企业绿色创新，并且激励作用的长期效应大于短期效应；开发区设立的中西部偏向有损经济的可持续性，开发区设立对东部地区企业的绿色创新激励效应明显大于中西部地区企业，并且从长期来看对中西部地区企业的绿色创新仍然激励不足。研究还发现，开发区绿色创新激励效应的区域异质性可能主要来源于不同地区之间市场环境、知识产权保护、本地竞争、对外开放度以及外商直接投资的差异。由此可见，开发区设立只有与本地经济特征与外部环境相适应，才能更好地推动绿色创新与环境治理共同发展。