국가세무총국 공고 2015년 제76호, <기업소득세 우대정책사항 처리방법>에 의해 기업소득세 우대사항 처리방법은 모두 사후신고등록(备案) 관리가 실행되었다. 이 정책에 따라 세수우대혜택은 기업이 일단 신청을 하면 세무당국은 단지 형식적인 심사를 진행해서 그 요건에 문제가 없으면 바로 우대혜택을 누릴 수 있다. 형식적 심사란 예를 들어 기업의 신고등록 자료가 규정된 형식에 부합하는지, 기재내용이 빠짐이 없는지, 첨부서류는 모두 구비되었는지 등이다. 그러나 기업이 감면세 자격에 부합하는지, 증명자료가 진실되고 유효한지, 적용되는 우대정책은 정확한지 그리고 우대받은 금액이 정확한지 등에 대해서는 모두 후속관리단계에서 심사를 진행한다. 

세수우대사항에 대한 후속관리는 기업의 자발적인 신청을 존중하나 신고내용에 허위가 있으면 법률적 책임을 묻기 때문에 기업 스스로 정확한 신고가 이루어 질 수 있게끔 엄격한 내부관리가 필요하다. 이미 세수우대를 받았지만 후속관리에서 세법규정에 부합하지 않음이 발견되면 우대혜택의 향유를 중단하고 세금과 체납금을 추징한다. 동시에 이후 년도 기업소득세 우대사항에 대한 특별검사 중점감독 기업명단에 등재되는 처벌이 있다.

특히 다음과 같은 세수우대혜택을 받은 기업은 주의가 필요하다.
(1) 세수우대혜택을 받은 금액이 큰 경우
(2) 감면세혜택을 받음으로 해서 오히려 세금환급이 발생한 경우
(3) 연구개발의 추가공제를 받은 기업의 연구개발비 구성항목 중에서 직원의 급여비율이 매우 높은 경우
(4) 장애인 급여의 추가공제를 받은 기업의 장애인 급여가 전체급여에서 차지하는 비율이 비교적 높은 경우
(5) 고신기술(하이테크) 기업의 우대혜택을 받는 기업이 각 우대혜택의 지표기준에 부합하지 않는 경우

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