“营改增”政策打通了增值税抵扣链条，不仅会对企业税负产生影响，而且会改变企业的行为。创新是国家经济增长的关键，“营改增”影响企业创新行为的实证研究尚属空白。基于此，文章以2008-2013年制造业上市公司为样本，采用双重差分法研究了“营改增”政策对中国制造业企业自主创新的影响及其作用机制。研究表明，“营改增”政策可以通过促进专业化分工显著地降低制造业企业以专利为表征的自主创新意愿。进一步分析发现，自主创新意愿的降低并没有对制造业企业的盈利能力和企业价值造成影响；“营改增”在降低企业自主创新意愿的同时提高了企业的技术引进水平。文章的研究弥补了“营改增”影响企业自主创新的研究空白，为“营改增”政策效应的研究提供了新的视角，同时对于制造业企业创新模式的选择及政府产业政策的制定具有重要的政策含义。