超额负担是最优税收理论和税收制度设计的关键要素。本文尝试将企业异质性引入增值税的效率分析，构建一个估计企业异质环境下增值税超额负担的结构框架。采用1998-2013年中国制造业数据的估计显示，增值税多档次税率和繁多优惠政策造成企业间税率差异悬殊，超额负担很小：平均而言只相当于同期实际产出的0.94%，在经济总的效率损失中增值税的份额只有0.81%，大多数行业和分析时段增值税的超额负担基本上可以忽略。政策模拟还显示，在维持进项税率分布不变的前提下统一销项税率，增值税的超额负担不仅不会下降，反而会上升，平均损失上升到同期实际产出的1.17%。本文的这些结果表明，在短期内取消所有增值税的政策优惠、推行一致税率收益其实不是特别明显，反而可能带来较大效率损失。通过渐进方式完善中国增值税制度较为可取。