创新是经济增长的持续动力。在中国企业的研发投资主要依靠内部融资弥补成本的现实背景下，增值税留抵制度相当于政府无偿占用企业资金，给企业研发投入带来了较大的现金流压力。本文基于2016—2018年微观企业税收调查数据，给出了增值税留抵税款抑制企业研发投入的经验证据。研究结果显示，增值税留抵税款占营业收入的比重每上升1个百分点，调整后的企业“新产品、新技术、新工艺”研发投入占营业收入的比重将下降00597个百分点。结构层面的分析发现，这一挤出效应具有“鞭打快牛”的进一步扭曲性。在企业层面，经济活力较大的民营企业、研发需求旺盛的技术密集型行业和大规模企业的政策抑制效应更强；在地区层面，知识产权保护程度越高的地区，增值税留抵税款对企业研发投入的抑制性越强。增值税留抵税款对企业研发投入的抑制主要通过减少企业经营性现金流以及增大企业融资难度两种渠道发挥作用。本文结论表明，现行的增值税留抵退税政策将在较大程度上激发市场创新投入，实现经济的高质量发展。