本文构建了包含两地区两部门的一般均衡模型，结合中国区域间投入产出表数据模拟分析了边界效应对区域经济结构的影响特征，研究了贸易成本通过产业垂直关联影响区域经济结构的作用机制。结果表明，区域间贸易成本上升使得边界效应增强从而扩大了沿海与内陆地区之间的经济差距。不同区域内部贸易成本变动对产业分工和经济结构的影响具有异质性，沿海地区内部贸易成本上升通过降低边界效应促进了区域间的分工协作和区域经济协调发展，内陆地区内部贸易成本上升则强化了边界效应、阻碍了区域之间的产业转移，从而加剧了区域间经济发展的不平衡。机制检验结果显示，区域间技术差距的扩大和产业间垂直关联的增强，进一步放大了贸易成本对区域内产业结构以及区域间经济结构的影响效应。降低自然地理的市场分割与弱化行政制度的市场分割，有助于建设一体化市场并畅通国内大循环。