跨境电商综合试验区是高水平开放的重大制度创新，更是推动我国区域协调高质量发展的重要抓手。文章首先厘清了跨境电商综合试验区影响区域协调发展的内在机理，然后以2015—2019年先后分四批次设立的跨境电商综合试验区为准自然实验，运用双重差分模型识别了其影响区域协调发展的净效应。研究发现，跨境电商综合试验区建设能够显著提高设立城市与未设立城市之间的经济周期同步性，这表明跨境电商综合试验区建设能够促进区域协调发展。跨境电商综合试验区建设对区域协调发展的影响因城市的地域分布、人力资本、金融发展和信息基础设施水平的不同而显著不同。机制检验表明，跨境电商综合试验区建设主要通过制度创新的引领示范效应和资源再配置效应来促进区域协调发展。文章还对跨境电商综合试验区政策文本进行了量化分析，发现供给型、环境型和需求型政策工具都是促进区域协调发展的有效政策工具。因此，持续扩大跨境电商综合试验区政策的覆盖范围，形成多网络中心节点空间布局，探索差异化制度创新，合理优化政策工具的内部结构，是促进区域协调发展的有效路径。