生态转移支付有助于缓解经济发展和资源环境之间的矛盾，是推动绿色低碳发展的重要手段。文章以国家重点生态功能区转移支付政策为准自然实验，基于2003—2020年中国县域面板数据，采用多期双重差分法考察了生态转移支付影响受偿地区碳排放水平的效应和作用机制。研究发现：第一，国家重点生态功能区转移支付政策显著降低了试点地区的碳排放总量，这有助于推动该地区绿色低碳发展。与非试点地区相比，该政策的实施使得试点地区的碳排放平均降低约1.90%。第二，机制分析结果表明，该政策能够通过优化产业结构、提高低碳技术创新水平来降低试点地区的碳排放水平，即结构优化效应和技术创新效应。第三，该政策的碳减排效应在资源匮乏地区和资源丰富地区无明显差异，但该政策对经济落后地区碳减排的影响更为显著。第四，成本和收益分析结果表明，尽管生态转移支付政策需要付出高额的财政成本，但这有助于改善生态环境和促进经济发展，进而推动试点地区低碳经济发展。文章的研究结果为健全生态转移支付制度、推动实现“双碳”目标提供理论依据与经验支撑。